Via Mercado Pago, você pode oferecer descontos para pagamentos via Boleto Bancário.

Basta acessar Configurações > Formas de pagamento > Mercado Pago e marcar a opção Usar desconto no boleto. Você ainda poderá escolher se quer aplicar o desconto no valor total (incluindo o frete) ou no valor parcial (somente os produtos).

Não se esqueça de salvar as alterações para ativar o desconto!