Para configurar basta acessar em seu painel Configurações > Formas de pagamento e entrar na opção do Boleto Bancário PagHiper:

Primeiramente altere a opção de "Pagamento ativo?" para "Sim" e informe no campo e-mail o seu cadastro do PagHiper.

Agora deverá inserir o Token, esta chave é um código fornecido pelo PagHipe quando você realiza seu cadastro. 

Cole esta informação no campo sua chave acesso da sua loja.

Na opção de boleto você pode aplicar um desconto para os seus clientes.
Para isto basta selecionar o checkbox "Usar desconto?" assim aparecerá a opção de "Desconto aplicado" que poderá colocar a porcentagem de desconto.

Depois disto basta "Salvar Alterações" e o Boleto PagHiper estará ativo em sua loja. 

O pessoal do PagHiper também preparou um vídeo tutorial completinho que pode ajudar :

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