Através da ferramenta Frenet, é possível configurar mais de um ponto de retirada na sua loja virtual.

No painel da Frenet, é só você ir em Transportadoras > Retirada na Loja e colocar os endereços.

Depois que você cadastrar, lá na Frenet vai ficar assim, com os pontos de retirada:

E na loja, vai aparecer mais ou menos assim:

Pra ver como fazer essa configuração por lá, eles têm esse tutorial aqui, com todo o passo a passo bem fácil!

E se você ainda não usa a Frenet, a gente tem um artigo que mostra como ativar: