Quando o logo da loja não aparece no e-mail transacional, é porque o arquivo que está na loja é totalmente branco.

Isso acontece, porque o para o e-mail transacional, é utilizado o mesmo logo que foi importado na plataforma. Geralmente, acontece quando o logo é totalmente branco e o fundo do do site é de outra cor.

Como solução, basta adicionar uma borda no logo do site (aproximadamente com 3px), salvar o arquivo no formato .PNG e substituir o arquivo na plataforma.

Abaixo vou deixar alguns exemplos para uma melhor visualização dos resultados.

Aqui temos um exemplo de logo em branco e como aparece no site:
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Quando é realizado um pedido, é disparado o e-mail transacional desta forma para o cliente. Observe que o logo não aparece:
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Agora, aqui temos exemplos quando o logo possui a borda na mesma cor do fundo do site:

​Observe que a visualização no site não é alterada:
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E quando o pedido é finalizado, o cliente receberá o e-mail com apresentação do logo normalmente: