Quando o logo da loja não aparece no e-mail transacional, é porque o arquivo que está na loja é totalmente branco.
Isso acontece, porque o para o e-mail transacional, é utilizado o mesmo logo que foi importado na plataforma. Geralmente, acontece quando o logo é totalmente branco e o fundo do do site é de outra cor.
Como solução, basta adicionar uma borda no logo do site (aproximadamente com 3px), salvar o arquivo no formato .PNG e substituir o arquivo na plataforma.
Abaixo vou deixar alguns exemplos para uma melhor visualização dos resultados.
Aqui temos um exemplo de logo em branco e como aparece no site:
Quando é realizado um pedido, é disparado o e-mail transacional desta forma para o cliente. Observe que o logo não aparece:
Agora, aqui temos exemplos quando o logo possui a borda na mesma cor do fundo do site:
Observe que a visualização no site não é alterada:
E quando o pedido é finalizado, o cliente receberá o e-mail com apresentação do logo normalmente:
Observação: O tamanho do logo pode variar, e no meu exemplo, utilizei a dimensão do arquivo em 200x200px. Caso precise que o logo esteja de outro tamanho, basta subir um logo maior ou menor.